Được thành lập theo quyết định 1236/GDĐT của bộ GD & ĐT ngày 30/3/1996 trên cơ sở tách ra từ Trường ĐH Tổng hợp TPHCM để tham gia vào ÐH Quốc gia TPHCM. Trường hiện có 9 khoa: Toán - Tin học, Công nghệ thông tin, Vật Lý, Hóa học, Sinh học, Địa chất, Môi trường, Điện tử - Viễn thông, Khoa học Vật liệu và 3 Bộ môn trực thuộc; 7 phòng và 8 ban chức năng; 11 Phòng thí nghiệm và 15 trung tâm nghiên cứu khoa học và sản xuất...

Nhà trường được nhà nước tặng Huân chương

Năm học 2009 - 2010 được xác định là “Năm học đổi mới quản lý và nâng cao chất lượng giáo dục ", là năm học thứ 4 toàn ngành quyết tâm thực hiện Chỉ thị 33/2006/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ về chống tiêu cực và khắc phục bệnh thành tích trong giáo dục, là năm học thứ 3 thực hiện cuộc vận động "Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh" và cuộc vận động "Mỗi thầy giáo, cô giáo là một tấm gương đạo đức, tự học và sáng tạo" và là năm học thứ 2 triển khai phong trào thi đua "Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực" Mục tiêu của ngành" Kỷ cương nghiêm, chất lượng thực, hiệu quả cao ". Trong năm học trường THPT chuyên Nguyễn Huệ đã đạt được thành tích trong giáo dục và đào tạo như sau